Delimitado el sector agrícola por un foso seco, paralelamente se observa una larga escalinata que conduce a la puerta principal. Este sector alberga los mayores elementos arquitectónicos de una ciudad (llaqta) inca. La ciudad tiene trazo de U.
Al norte se observa un gran sub sector religioso de los templos, al sur, el conjunto de habitaciones y talleres en andenes platafórmicos que Hiram Bingham denomino grupo militar
Este sector está separado de las terrazas que forman la zona agrícola por un foso. Uno puede notar que algunos edificios estaban acabados con piedra lisa, las cuales encajaban perfectamente una con otra; mientras otros estaban acabados con las piedras irregulares pequeñas unidas con barro, y al parecer se encontraban acabadas con yeso y pintadas externamente.
Debemos tener en cuenta que no existe mucha información a cerca de esta ciudadela, y mucha de la información conocida es sólo especulación y suposición de investigadores que generalmente usan el trabajo de Bingham’s’ como base.
Sabiendo esto, es posible analizar las características arquitectónicas de la ciudadela y sus edificios, lo cual nos ayudará a que podamos entender un poco sobre los misterios de esta ciudadela. Los Incas también construyeron canales de agua que recorrían la ciudadela, para los Incas el Agua era sinónimo de fertilidad y era considerado como un elemento sagrado, por esta razón construyeron 16 fuentes, canales subterráneos y canales abiertos, que transportaban el agua por toda la ciudadela.
La ciudadela estaba conectada por diversos pasajes, caminos y centenares de escalones que les permitieron a las personas subir y bajar por esta ciudad construida en una montaña muy empinada. La ciudadela se construyó con una forma de pirámide truncada que es una característica de la arquitectura Inca religiosa. Esto nos hace pensar que Machu Picchu era una ciudadela dedicada a la religión y que alojó un grupo selecto de nobles y sacerdotes que se dedicaban a la adoración del sol, el agua y la madre tierra.
